Väitös: Jyväsjärvestä eristetty virus avaa uusia näkökulmia bakteereja infektoivien virusten elinkiertoihin ja ekologiaan (Mäkelä)
Tuore Jyväskylän yliopiston väitöstutkimus osoittaa, että on tärkeää kohdistaa tutkimusta myös vähemmän tunnettuihin bakteereja infektoiviin viruksiin eli faageihin ja erityisesti niiden vuorovaikutuksiin isäntäbakteerien kanssa. Tieto auttaa ymmärtämään virusten todellista monimuotoisuutta ja erityyppisten virusten rooleja mikrobitason vuorovaikutusverkostoissa, jotka ovat keskeisiä kaikkien ekosysteemien toiminnassa.
Jyväskylän yliopiston väitöskirjatutkija Kati Mäkelän tutkimuksen kohteena oli flavobakteereja infektoiva Finnlakevirus FLiP eli lyhyesti FLIP.
- FLiP-isäntävuorovaikutusten tutkiminen ekologisessa yhteydessään on merkittävää, sillä flavobakteerit ovat hyvin yleisiä pohjoisissa järvissä, missä ne toimivat orgaanisen aineksen, esimerkiksi vuosittaisten leväkukintojen, hajottajina, kertoo väitöskirjatutkija Kati Mäkelä Jyväskylän yliopistosta.
FLiP-faagilla on täysin ainutlaatuisia ominaisuuksia
FLiP-faagilla on yksijuosteisteinen DNA (ssDNA) -genomi ja sen rakenteesta puuttuu häntä, joka on tunnusomainen useimmille kaksijuosteisen DNA (dsDNA) -genomin omaaville faageille. Lisäksi FLiP-faagin proteiinikuoren sisällä on lipidikalvo, toisin kuin tunnetuimmilla faagityypeillä. Faagitutkimuksen historiassa ssDNA-faageja on pidetty vähemmän merkittävänä faageina ja tutkimusmenetelmät on kehitetty pääosin dsDNA-faageille sopiviksi.
- Tietämyksemme ssDNA-faagien elinkierroista onkin perustunut vain muutamasta viruslajista kerättyyn tietoon. Väitöskirjatutkimuksessani eristettiin Jyväsjärvestä yksi uusi ssDNA-faagi ja kehitettiin uusia, FLiP:n kaltaisille faageille, sopivia tutkimusmenetelmiä, selventää Mäkelä.
Mäkelän väitöskirjan yksi päätulos oli, että virusten rakenteelliset ja elinkiertoon liittyvät ominaisuudet eivät ole niin vahvasti sidoksissa genomityyppiin kuin aiemmin on oletettu, sillä FLiP:llä on useita ominaisuuksia, joiden on uskottu esiintyvän vain dsDNA-faageilla. Toisaalta FLiP-faagin isäntävuorovaikutuksissa on ominaisuuksia, joita ei ole todettu olevan yhdelläkään muulla faagilla.
Faagit ovat ekologisen tasapainon ylläpitäjiä
Eräät flavobakteerilajit infektoivat kaloja, mikä on jokakesäinen ongelma kalanviljelylaitoksilla. Flavobakteerien ja faagien väliset vuorovaikutukset ovat siten monellakin tavalla merkittäviä sekä luonnonvesien ekologisen tasapainon että ruoantuotannon kannalta.
- Tutkimukseni osoitti, että FLiP-faagi mukautuu erittäin hyvin ympäristössä ja isäntäbakteerissa tapahtuviin muutoksiin, jotka johtuvat mm. lämpötilan sekä hapen ja ravinteiden saatavuuden vaihtelusta eri vuodenaikoina, sanoo Mäkelä.
FLiP kykenee säilyttämään infektiivisyytensä haastavissakin olosuhteissa, mikä korostaa FLiP-faagin merkittävyyttä ekologisen tasapainon ylläpitäjänä. Lisäksi faagin sopeutuvuus on eduksi myös kehitettäessä menetelmiä, joissa faageja käytetään bakteerien tuhoamiseen esimerkiksi ruoantuotannossa.
Väitöskirja “Small but mighty: Exploring the dynamic host interactions of Finnlakevirus FLiP” on luettavissa JYX-julkaisuarkistossa: https://urn.fi/URN:ISBN:978-952-86-0562-1
FM Kati Mäkelän väitöskirjan "Small but mighty: Exploring the dynamic host interactions of Finnlakevirus FLiP” tarkastustilaisuus pidetään 21.3.2025 klo 12:00 alkaen kemian laitoksen salissa KEM1. Vastaväittäjänä professori Heather Allison (University of Liverpool) ja kustoksena professori Lotta-Riina Sundberg (Jyväskylän yliopisto).
Avainsanat
Yhteyshenkilöt
Väitöskirjatutkija Kati Mäkelä, kati.j.makela@jyu.fi
Elina LeskinenViestinnän asiantuntija
Puh:+358 50 461 7880elina.leskinen@jyu.fiKuvat
Jyväskylän keskustassa sijaitsevan yliopiston kauniilla puistokampuksella sykkii monitieteinen ja moderni tiedeyliopisto – ihmisläheinen ja dynaaminen yhteisö, jonka 2500 asiantuntijaa ja 15 000 opiskelijaa etsivät ja löytävät vastauksia huomisen kysymyksiin. Jyväskylän yliopisto on ollut tulevaisuuden palveluksessa jo vuodesta 1863, jolloin suomenkielinen opettajankoulutus sai alkunsa täältä. Voimanlähteenämme on moniarvoinen vuoropuhelu tutkimuksen, koulutuksen ja yhteiskunnan välillä. Vaalimme tutkimuksen ja koulutuksen tasapainoa sekä ajattelun avoimuutta – sytytämme taidon, tiedon ja intohimon elää viisaasti ihmiskunnan parhaaksi. www.jyu.fi
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta Jyväskylän yliopisto
Kansainvälinen konferenssi rakentaa tulevaisuudenuskoa ja selviytymiskykyä23.4.2025 11:00:47 EEST | Tiedote
Ympäristökysymysten lisäksi aikamme yhteiskunnat kamppailevat monimutkaisten sosiaalisten haasteiden kanssa. Lapset, nuoret ja heidän perheensä ovat usein ensimmäisiä, joita tämän hetken yhteiskunnalliset haasteet koettelevat.
Maankäyttö vaikuttaa boreaalisten järvien energialähteisiin17.4.2025 07:10:00 EEST | Tiedote
Järviekosysteemit vastaanottavat valuma-alueelta peräisin olevaa eloperäistä ainesta, joka päätyy mikrobien avustuksella ravintoverkkoon. Jyväskyläläinen tutkijaryhmä selvitti vedyn pysyvien isotooppien avulla maalta peräisin olevan eloperäisen energian määriä. Tutkimuksen mukaan pohjaeläinten ja niitä syövien kalojen maalta peräisin olevan energian määrä oli suurempaa kuin ulappa-alueen eläinplanktonin ja niitä syövien kalojen. Kaikkien kuluttajaryhmien maalta peräisin olevan energian määrä väheni tummista happamista metsäjärvistä kohti reheviä järviä, joiden valuma-alueella on paljon maataloutta.
Tuore väitöstutkimus selvittää, miten tragedia auttaa käsittelemään ilmastokriisiä17.4.2025 06:58:00 EEST | Tiedote
Tragediaa pidetään turhaan vanhentuneena ja jopa kuolleena teatterimuotona, vaikka sillä voisi olla paljon annettavaa ilmastonmuutoksen hahmottamisessa ja sen seurausten käsittelemisessä, toteaa YTM Henna Vainio, joka tutki filosofian väitöskirjassaan tragedian mahdollisuutta ja merkitystä erityisesti ilmastonmuutoksen aikakaudella.
Uusi jättivirus eristettiin Jyväskylässä ensimmäistä kertaa Suomessa16.4.2025 07:05:00 EEST | Tiedote
Jyväskylän yliopiston nanotiedekeskuksen tutkijat ovat ensimmäistä kertaa Suomessa eristäneet jättiviruksen, joka nimettiin Jyvaskylavirukseksi. Löytö osoittaa jättivirusten olevan luultua yleisempiä pohjoisilla alueilla sekä havainnollistaa, että on vielä paljon rakenteita, joiden alkuperää ja toimintoja ei ole kunnolla tutkittu.
Uudenlainen kaikkia ionisoivan säteilyn lajeja havaitseva kannettava ilmaisin parantaa säteilyturvallisuutta15.4.2025 07:05:00 EEST | Tiedote
Jyväskylän yliopisto on yhteistyössä Säteilyturvakeskuksen (STUK) kanssa kehittänyt uudenlaisen kannettavan monikäyttösäteilyilmaisimen, joka havaitsee käytännössä kaikkia ionisoivan säteilyn lajeja. Laitteesta voivat hyötyä mm. teollisuuden ja lääketieteen säteilynkäyttäjät, viranomaiset, ydinenergia-ala, ensivasteen toimijat sekä sotilaskäyttäjät. Teknologialle on haettu patenttia, ja seuraavaksi selvitetään sen kaupallistamismahdollisuuksia.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme