Tutkijat kehittivät monitoimityökalun proteiinien toimintaympäristön tutkimiseen
Solujen toiminta perustuu valtaosin proteiinien suorittamiin tehtäviin ja tarkemmin sanottuna näiden keskinäisiin vuorovaikutuksiin. Näiden proteiini–proteiini-vuorovaikutusten yksityiskohtien tunteminen on sen vuoksi ensisijaisen tärkeää solun toiminnan ja signaalivälityksen ymmärtämiseksi.
Proteiinien monimuotoisia vuorovaikutuksia voidaan tutkia proteomiikan menetelmillä, kuten affiniteettipuhdistus-massaspektrometrialla (AP-MS), jolla pystytään tutkimaan toisiinsa sitoutuvien proteiinien vuorovaikutuksia, sekä BioID:llä joka mahdollistaa heikkojen tai hetkellisten vuorovaikutusten tutkimisen.
Dosentti Markku Varjosalon tutkimusryhmä Helsingin yliopistosta (HiLIFE, Biotekniikan instituutti) on kehittänyt monipuolisen tutkimustyökalun, jossa AP-MS- ja BioID-menetelmät on yhdistetty. Ryhmän työ on julkaistu arvostetussa Nature Communications -tiedelehdessä.
– Tässä kehittämässämme strategiassa hyödynnetään yhtä aikaa molempia menetelmiä, mutta lopputulos on paljon enemmän kuin vain näiden summa. Nyt meidän on mahdollista samalla kertaa tunnistaa ja määrittää proteiinien vuorovaikutukset – myös hetkelliset – sekä määrittää proteiinikompleksien stoikiometria. Lisäksi luomallamme proteiinikartastolla ja siihen perustuvalla MS-mikroskopialla voidaan määrittää lähes minkä tahansa tutkittavan proteiinin toimintaympäristöä, Varjosalo kertoo.
Julkaisussaan tutkijat osoittavat, että MS-mikroskopialla on mahdollista ”kuvantaa” tutkitun proteiinin sijainti suuremmalla tarkkuudella kuin konfokaalimikroskopialla.
– Tämä tutkimus on jatkumoa meidän pitkäjänteiselle pyrkimyksellemme kehittää uusia systeemibiologian työkaluja proteiinien molekyylivuorovaikutuksien systemaattiseen tutkimiseen, Varjosalo sanoo.
– Olemme jo aikaisemmin osoittaneet, että AP-MS on erittäin luotettava menetelmä, joka sopii hyvin myös näytemäärältään suuriin tutkimuksiin, ja kehittämämme integroitu strategia ja proteiinikartasto mahdollistavat helpon tavan tutkia proteiinien toimintaa esimerkiksi erilaisissa tautitiloissa, Varjosalo toteaa.
Nyt julkaistu uusi menetelmä avaa uusia mahdollisuuksia proteomiikkayhteisön lisäksi myös solu-, molekyyli- ja rakennebiologeille.
Ryhmän työtä ovat rahoittaneet Helsingin yliopiston lisäksi Suomen Akatemia, Sigrid Jusélius -säätiö ja Instrumentariumin tiedesäätiö.
Lisätietoja:
Dosentti Markku Varjosalo, Helsingin yliopisto, HiLIFE / Biotekniikan instituutti
Puh. 029 4159413, s-posti: markku.varjosalo@helsinki.fi
MS-mikroskopia: www.biocenter.helsinki.fi/bi/protein/msmicissa
Viite: Xiaonan Liu, Kari Salokas, Fitsum Tamene, Yaming Jiu, Rigbe G. Weldatsadik, Tiina Öhman and and Markku Varjosalo. An AP- MS- and BioID-compatible MAC-tag enables comprehensive mapping of protein interactions and subcellular localizations. Nature Communications March 22, 2018
Doi 10.1038/s41467-018-03523-2.
*****************************
Ystävällisin terveisin
Päivi Lehtinen, viestinnän asiantuntija, Helsingin yliopisto
paivi.m.lehtinen@helsinki.fi 050 406 2043
Kuvat
Tietoja julkaisijasta
PL 3
00014 Helsingin yliopisto
02941 22622 (mediapalvelu) 02941 911 (vaihde) (vaihde)https://www.helsinki.fi/fi/yliopisto
Helsingin yliopisto on yli 40 000 opiskelijan ja työntekijän kansainvälinen yhteisö, joka tuottaa tieteen voimalla kestävää tulevaisuutta koko maailman parhaaksi. Kansainvälisissä yliopistovertailuissa Helsingin yliopisto sijoittuu maailman parhaan yhden prosentin joukkoon. Monitieteinen yliopisto toimii neljällä kampuksella Helsingissä sekä Lahden, Mikkelin ja Seinäjoen yliopistokeskuksissa. Lisäksi sillä on kuusi tutkimusasemaa eri puolilla Suomea ja yksi Keniassa. Yliopisto on perustettu vuonna 1640.
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta Helsingin yliopisto
Helsingin yliopiston operatiivinen tulos 2023 oli 16 miljoonaa euroa miinuksella17.4.2024 14:37:06 EEST | Tiedote
Varainhankinta sekä sijoitus- ja rahoitustuotot nostivat kokonaistuloksen plussalle. Yliopisto lisää sijoitustoiminnan tuotonjakoa perustehtävään seuraavien viiden vuoden ajan.
Pelastakaa tiede! -dokumenttielokuva kertoo tieteen evakuoinnin tarinan17.4.2024 10:28:01 EEST | Tiedote
Kirjailija, FT Anna Kortelainen, Kansalliskirjasto ja Kirjastokaista ovat tuottaneet yhteistyössä dokumentin, joka pureutuu Kansalliskirjaston aineistojen evakuointiin talvi- ja jatkosodan aikana. Elokuva julkaistaan 17.4.2024 Kirjastokaistan verkkosivuilla sekä Kansalliskirjaston Youtube-kanavalla.
Kutsu medialle: Tule seuraamaan Viikin tutkimustilan lehmien keväistä laitumellelaskua 4.5.!15.4.2024 14:44:21 EEST | Tiedote
Helsingin yliopisto, Valio ja maatalousylioppilaiden yhdistys Sampsa kutsuvat median edustajat osallistumaan Suomen urbaanimpien lehmien laitumellelaskuun Viikin tutkimustilalla lauantaina 4. toukokuuta.
Diabeteslääke voi tehostaa immuunipuolustuksen taistelua rintasyöpää vastaan12.4.2024 10:11:23 EEST | Tiedote
Tyypin 2 diabeteslääke metformiini voi tutkimuksen mukaan auttaa elimistön immuunijärjestelmää tunnistamaan paremmin syöpäsoluja ja tehostaa puolustusreaktiota niitä vastaan.
Suurten suojelualueiden merkitys korostuu pohjoisten lintulajien suojelussa12.4.2024 09:31:44 EEST | Tiedote
Nykyinen suojelualueverkosto ei riitä hidastamaan kylmään sopeutuneiden, pohjoisten lajien, kuten järripeipon, taantumista pohjoisella pallonpuoliskolla, osoittaa Helsingin yliopiston tuore tutkimus. Tehokkain tapa hidastaa pohjoisten lajien häviämistä on suurten suojelualueiden perustaminen.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme