Helsingin yliopisto

Tutkijat kehittivät monitoimityökalun proteiinien toimintaympäristön tutkimiseen

Jaa

Helsingin yliopiston tutkijat ovat kehittäneet proteiini-proteiini-vuorovaikutusten tutkimiseen uuden työkalun, jota he kuvaavat proteiinitutkimuksen ”Leathermaniksi”.

Solujen toiminta perustuu valtaosin proteiinien suorittamiin tehtäviin ja tarkemmin sanottuna näiden keskinäisiin vuorovaikutuksiin. Näiden proteiini–proteiini-vuorovaikutusten yksityiskohtien tunteminen on sen vuoksi ensisijaisen tärkeää solun toiminnan ja signaalivälityksen ymmärtämiseksi.

Proteiinien monimuotoisia vuorovaikutuksia voidaan tutkia proteomiikan menetelmillä, kuten affiniteettipuhdistus-massaspektrometrialla (AP-MS), jolla pystytään tutkimaan toisiinsa sitoutuvien proteiinien vuorovaikutuksia, sekä BioID:llä joka mahdollistaa heikkojen tai hetkellisten vuorovaikutusten tutkimisen.

Dosentti Markku Varjosalon tutkimusryhmä Helsingin yliopistosta (HiLIFE, Biotekniikan instituutti) on kehittänyt monipuolisen tutkimustyökalun, jossa AP-MS- ja BioID-menetelmät on yhdistetty. Ryhmän työ on julkaistu arvostetussa Nature Communications -tiedelehdessä.

– Tässä kehittämässämme strategiassa hyödynnetään yhtä aikaa molempia menetelmiä, mutta lopputulos on paljon enemmän kuin vain näiden summa. Nyt meidän on mahdollista samalla kertaa tunnistaa ja määrittää proteiinien vuorovaikutukset – myös hetkelliset – sekä määrittää proteiinikompleksien stoikiometria. Lisäksi luomallamme proteiinikartastolla ja siihen perustuvalla MS-mikroskopialla voidaan määrittää lähes minkä tahansa tutkittavan proteiinin toimintaympäristöä, Varjosalo kertoo.

Julkaisussaan tutkijat osoittavat, että MS-mikroskopialla on mahdollista ”kuvantaa” tutkitun proteiinin sijainti suuremmalla tarkkuudella kuin konfokaalimikroskopialla.

– Tämä tutkimus on jatkumoa meidän pitkäjänteiselle pyrkimyksellemme kehittää uusia systeemibiologian työkaluja proteiinien molekyylivuorovaikutuksien systemaattiseen tutkimiseen, Varjosalo sanoo.

– Olemme jo aikaisemmin osoittaneet, että AP-MS on erittäin luotettava menetelmä, joka sopii hyvin myös näytemäärältään suuriin tutkimuksiin, ja kehittämämme integroitu strategia ja proteiinikartasto mahdollistavat helpon tavan tutkia proteiinien toimintaa esimerkiksi erilaisissa tautitiloissa, Varjosalo toteaa.

Nyt julkaistu uusi menetelmä avaa uusia mahdollisuuksia proteomiikkayhteisön lisäksi myös solu-, molekyyli- ja rakennebiologeille.

Ryhmän työtä ovat rahoittaneet Helsingin yliopiston lisäksi Suomen Akatemia, Sigrid Jusélius -säätiö ja Instrumentariumin tiedesäätiö.

Lisätietoja:

Dosentti Markku Varjosalo, Helsingin yliopisto, HiLIFE / Biotekniikan instituutti
Puh. 029 4159413, s-posti: markku.varjosalo@helsinki.fi

MS-mikroskopia: www.biocenter.helsinki.fi/bi/protein/msmicissa

Viite: Xiaonan Liu, Kari Salokas, Fitsum Tamene, Yaming Jiu, Rigbe G. Weldatsadik, Tiina Öhman and and Markku Varjosalo. An AP- MS- and BioID-compatible MAC-tag enables comprehensive mapping of protein interactions and subcellular localizations. Nature Communications March 22, 2018
Doi 10.1038/s41467-018-03523-2.

*****************************
Ystävällisin terveisin

Päivi Lehtinen, viestinnän asiantuntija, Helsingin yliopisto
paivi.m.lehtinen@helsinki.fi  050 406 2043

Kuvat

Tietoja julkaisijasta

Helsingin yliopisto
Helsingin yliopisto
PL 3
00014 Helsingin yliopisto

02941 911 (vaihde)http://www.helsinki.fi/yliopisto

Helsingin yliopisto on yli 40 000 opiskelijan ja työntekijän kansainvälinen tiedeyhteisö, joka toimii neljällä kampuksella Helsingissä ja usealla muulla paikkakunnalla Suomessa. Se on toistuvasti maailman sadan parhaan yliopiston joukossa. Helsingin yliopisto on perustettu vuonna 1640.

Tilaa tiedotteet sähköpostiisi

Haluatko tietää asioista jo ennen kuin ne uutisoidaan? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi yhtä aikaa suomalaisen median kanssa. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.

Lue lisää julkaisijalta Helsingin yliopisto

Jaettu johtajuus: tavoitteena jännitteistä yhteistoimintaan20.8.2018 09:26Tiedote

Nykyiset jaetun johtajuuden teoriat ja mallit eivät ole riittäviä uudenlaisten innovaatioyhteisöjen toiminnan johtamiseen. Dosentti Anu Kajamaa Helsingin yliopiston kasvatustieteellisestä tiedekunnasta ja apulaisprofessori Juha Tuunainen Oulun yliopiston kauppakorkeakoulusta peräänkuuluttavat syvällistä jaetun johtajuuden käytäntöjen tutkimusta. Kajamaan ja Tuunaisen artikkeli ”Distributed Leadership as Discursive Practice” palkittiin parhaana vastikään Chicagossa Yhdysvalloissa järjestetyssä Academy of Management – konferenssissa. Palkinto on nimeltään "The Best Practice-oriented Paper by the Academy of Management’s strategizing activities and practices (SAP) interest group".

Avioero lisää psyykenlääkitystä ja nostaa kuolleisuusriskiä14.8.2018 08:30Tiedote

Pitkissä avo- ja avioliitoissa vain harvat käyttävät psyykenlääkkeitä, mutta eroprosessin aikana lääkitys yleistyy selvästi. Myös tapaturmaisen, väkivaltaisen tai alkoholiperäisen kuoleman riski on voimakkaasti koholla heti avioeron jälkeen, varsinkin miehillä. Eroa harkitsevien ja eroprosessia läpi käyvien parien tukemiseen olisikin hyvä löytää uusia keinoja, ilmenee Helsingin yliopiston väitöstutkimuksesta.

Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki STT Infossa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.

Tutustu uutishuoneeseemme