Helsingin yliopisto

Hyppivät DNA-jaksot voivat vauhdittaa syöpäkasvainten kehitystä

Jaa

Tutkijoiden uudet löydökset hyppivistä DNA-jaksoista eli transposoneista auttavat ymmärtämään paremmin, miten syövät kehittyvät.

Hyppivät DNA-jaksot
Hyppivät DNA-jaksot pystyvät monistumaan ja siirtymään perimässä uusiin paikkoihin. Sahu lab, Helsingin yliopisto

Lähes puolet ihmisen geeniperimästä koostuu transposoneista eli hyppivistä geeneistä. Käytännössä nämä liikkuvat elementit ovat DNA-jaksoja, jotka pystyvät monistumaan ja siirtymään perimässä uusiin paikkoihin. Aiemmin transposoneja on pidetty turhana roska-DNA:na ihmisen perimässä. Sittemmin tutkimukset ovat osoittaneet, että transposonien kyky monistua ja liikkua on mahdollistanut evoluution myötä niiden kehittymisen uusiksi geenien säätelyjaksoiksi etenkin varhaiskehityksen aikana.

Helsingin yliopiston tutkijat selvittivät tutkimuksessaan, miten syöpäsolut voivat kaapata näitä liikkuvia elementtejä kasvainten tehostajiksi. Tutkimustulokset paljastivat uutta tietoa syöpien kehityksestä.

– Tunnistimme tiettyjä transposonityyppejä, jotka aktivoituvat erityisesti maksa- ja paksusuolisyövissä. Nämä DNA-jaksot sisältävät kiinnittymiskohtia tietyille transkriptiotekijöille eli proteiineille, jotka välittävät säätelyjakson aktivoivan vaikutuksen geeneihin. Osoitimme, että nämä tietyt transposonit tehostavat geenien säätelyä syöpäspesifisesti, eli eri syövät ikään kuin kaappaavat erityyppisiä transposoneja omiin säätelytarkoituksiinsa, tutkimuksen ensimmäinen kirjoittaja Konsta Karttunen sanoo.

Tutkimus tuo lisää tietoa transposonien säätelyrooleista syövissä

Aikaisempi tutkimus on jo osoittanut, että transposoneilla on merkittävä rooli geenien säätelyssä esimerkiksi ihmisen alkionkehityksen aikana. Transposoneja on kuitenkin vaikea tutkia, sillä niiden monistumisen vuoksi genomissa on useita lähes identtisiä transposonien DNA-jaksoja. Solut myös pyrkivät aktiivisesti pitämään transposonit hiljaisina ja toimimattomina.

– Hyödynsimme koko genomin laajuista raportoijakoetta, jolla voidaan suoraan tunnistaa aktiivisia geenien säätelyjaksoja. Tätä menetelmää ei aiemmin ole juurikaan käytetty transposonien säätelyroolien tutkimiseen, etenkään syövissä. Tutkimuksemme valottaa säätelyrooleja laajemmin kuin aikaisemmin on ymmärretty, Helsingin yliopiston tutkijatohtori Divyesh Patel kertoo.

Hyppiviä elementtejä voidaan hyödyntää syövän varhaisessa diagnostiikassa

Hyppivien DNA-jaksojen parempi ymmärtäminen voi auttaa hoitojen kehittämisessä eri syöpiin.

– Syövissä aktivoituvia transposoneja voidaan hyödyntää markkereina, jotka auttavat syövän aikaisessa diagnosoinnissa. Lisäksi transposonien aktivaation aiheuttamaa solujen immuunireaktiota voidaan hyödyntää syövän immunologisissa hoidoissa, kertoo Helsingin yliopiston akatemiatutkija ja tutkimuksen tehneen tutkimusryhmän johtaja Biswajyoti Sahu.


Alkuperäinen artikkeli: Karttunen, K., Patel, D., Xia, J. et al.
Transposable elements as tissue-specific enhancers in cancers of endodermal lineage. Nature Communications 14, 5313 (2023). DOI: 10.1038/s41467-023-41081-4  

 

Lisätietoja:

Biswajyoti Sahu, akatemiatutkija, tutkimusryhmän johtaja, Helsingin yliopisto sekä NCMM-EMBL ryhmänjohtaja, Oslon yliopisto (haastattelut englanniksi)
P. 045 278 0005
biswajyoti.sahu@helsinki.fi

Konsta Karttunen, artikkelin jaettu ensimmäinen kirjoittaja (haastattelut suomeksi)
P. 040 057 8911
karttunenkonsta@gmail.com

Divyesh Patel, artikkelin jaettu ensimmäinen kirjoittaja (haastattelut englanniksi)
P. 046 886 4870
divyesh.patel@helsinki.fi

Avainsanat

Yhteyshenkilöt

Kuvat

Hyppivät DNA-jaksot
Hyppivät DNA-jaksot pystyvät monistumaan ja siirtymään perimässä uusiin paikkoihin.
Lataa

Helsingin yliopisto

Helsingin yliopisto on yli 40 000 opiskelijan ja työntekijän kansainvälinen yhteisö, joka tuottaa tieteen voimalla kestävää tulevaisuutta koko maailman parhaaksi. Se sijoittuu kansainvälisissä yliopistovertailuissa maailman sadan parhaan yliopiston joukkoon. Monitieteinen yliopisto toimii neljällä kampuksella Helsingissä sekä Lahden, Mikkelin ja Seinäjoen yliopistokeskuksissa. Lisäksi sillä on kuusi tutkimusasemaa eri puolilla Suomea ja yksi Keniassa. Yliopisto on perustettu vuonna 1640.

Tilaa tiedotteet sähköpostiisi

Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.

Lue lisää julkaisijalta Helsingin yliopisto

Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.

Tutustu uutishuoneeseemme