Luonnontieteellisten kokoelmien tieto digitoidaan tutkimuksen ja päätöksenteon tueksi

Suomen ympäristökeskus, Helsingin yliopisto, Jyväskylän yliopisto, Oulun yliopisto ja Kuopion luonnontieteellinen museo

Digitoitu tieto palvelee ympäristön tilan seurantaa esimerkiksi lajien ja luontotyyppien uhanalaisuusarvioinneissa. Sähköisen tiedon avulla voidaan dokumentoida ja havainnollistaa luonnon tilan arviointien tuloksia aiempaa helpommin. Tieto on keskeistä luontokadon pysäyttämiseen tähtäävien ratkaisujen etsimisessä.

Luonnontieteellisen tiedon muuttaminen sähköiseen muotoon edistää ja palvelee myös tutkimusta. Esimerkiksi Suomen Lajitietokeskuksen jakamia aineistoja on käytetty pelkästään vuonna 2023 jo 330 tieteellisessä artikkelissa kansainvälisen monimuotoisuustietoa jakavan tietokannan kautta (Global Biodiversity Information Facility GBIF) .

Suomalaiset digitoinnin eturintamassa

Suomessa luonnontieteellisten kokoelmien digitointityötä tehdään parhaillaan yliopistojen ja Kuopion kaupungin luonnontieteellisissä museoissa. Kansallista digitoinnin edistymistä voi seurata juuri valmistuneessa palvelussa  https://dashboard.laji.fi.

Esimerkiksi Jyväskylän yliopistossa on vuonna 2023 aloitettu näytetietojen tarkistus, muokkaus ja siirto aiemmin käytössä olleista tietokannoista Kotka-kokoelmienhallintajärjestelmään, jonka kautta tiedot yhdistyvät Laji.fi -palveluun. Työ on valmiina noin 18 000 kasvitieteellisen puutarhan elävien kasvien näytteen sekä noin 2000 kovakuoriaisnäytteen osalta.  Vuoden 2023 aikana on digitoitu myös noin 1600 kokonaan uutta näytettä, muun muassa sieniä, jäkäliä ja uhanalaisia sammalia. Valtaosa digitoiduista näytteistä on kerätty Pohjois- ja Etelä-Hämeen eliömaakunnista.  

Kuopion luonnontieteellisessä museossa taas on digitoitu Kotka-järjestelmään noin 9 000 neulattua perhosnäytettä etiketteineen noin 700 lajista. Lisäksi lähes 1 000 näyteyksilöstä on digitoitu noin 1 300 valokuvaa. Nämä näytteet on digitoitu vuonna 2023 ja valtaosa niistä on kerätty 1900-luvun jälkipuoliskolla tai tämän vuosituhannen alussa Pohjois-Savon ja Pohjois-Karjalan eliömaakunnista.

Luonnontieteellisessä keskusmuseossa Luomuksessa on tähän mennessä digitoitu noin 3,5 miljoonaa näytettä, mikä vastaa noin 24 prosenttia Luomuksen kaikista kokoelmista. Merkittävimmät kokonaan valmistuneet osakokoelmat ovat ulkomaiset putkilokasvit (660 000), Suomen päiväperhoset (90 000) ja Suomen mesipistiäiset (60 000). Digitoidut näytteet kattavat huomattavan ajanjakson, sillä vanhimmat näytteet ovat vuodelta 1785 ja uusimmat tämänvuotisia.

Uutta teknologiaa ja tekoälyä

Oulun yliopisto on koordinoinut digitaalisen DNA-lajitunnistekirjaston rakentamista Suomen lajistolle. Tämä on mahdollistanut muun muassa ympäristöstä kerättyjen näytteiden sisältämän DNA:n käytön ympäristön tilan seurannassa ja auttanut tutkijoita selvittämään huonosti tunnettuja eliöryhmiä. Suomi on tässä työssä edelläkävijä maailmassa.

Suomen Akatemian rahoittamassa Suomen Lajitietokeskuksen kehittämishankkeessa myös tekoäly on apuna miljoonien näytteiden sisältämän luontotiedon avaamisessa.

 ”Tekstintunnistustekniikalla näytteiden valokuvattujen etikettien sisältämiä tietoja, esimerkiksi keräyspaikka ja -ajankohta, voidaan automaattisesti muuttaa tietokoneella luettavaan muotoon. Kun tekstin syöttämistä tietojärjestelmiin ihmisvoimin voidaan vähentää, näytteiden sisältämä tieto saadaan käyttöön huomattavasti aiempaa nopeammin”, sanoo Suomen ympäristökeskuksen pääjohtaja Leif Schulman, joka johtaa kehittämishankkeen konsortiota.

Kansainvälinen yhteistyö jatkuu

Kansainvälinen luonnontieteellisten kokoelmien mittava kehittämishanke on valittu eurooppalaiselle tutkimusinfrastruktuurien tiekartalle. Tavoitteena on muodostaa itsenäinen, valtioiden hyväksymä tutkimusinfrastruktuurikokonaisuus (Distributed System of Scientific Collections – DiSSCo). Suomesta yhteistyössä ovat mukana Helsingin yliopisto, Jyväskylän yliopisto, Kuopion luonnontieteellinen museo, Oulun yliopisto, Suomen ympäristökeskus (Syke) ja Turun yliopisto.

Suomen ympäristökeskus johtaa Suomen Akatemian rahoittamaa konsortiota, joka kehittää Suomen Lajitietokeskusta.