Helsingin yliopisto

Helsingin yliopiston tutkijat kehittivät sekvensointiin perustuvan sovelluksen, joka helpottaa virusten tunnistamista

Jaa

Uusi bioinformatiikkaan perustuva sovellus identifioi sekä jo aikaisemmin tunnistetut että uudet virukset.

Helsingin yliopiston tutkijoiden kehittämä Lazypipe-niminen bioinformatiikkasovellus tunnistaa virukset joko isäntälajeista tai ympäristönäytteistä.

Sovellus on kehitetty virologien ja bioinformaatikkojen yhteistyönä. Se helpottaa virusten genomien tunnistamista muiden näytteessä olevien genomipätkien joukosta.

Professori Olli Vapalahden johtama tutkimusryhmä Viral Zoonooses Research Unit on muun muassa julkaissut aiemmin kaksi tutkimusta uusista viruksista, jotka on identifioitu Lazypipe-sovelluksen avulla. Nämä virukset ovat potentiaalisia uusia zoonoottisia, eli eläimistä ihmisiin tarttuvia taudinaiheuttajia.

Kummatkin virukset löytyivät villieläimistä, jotka voivat toimia viruksen välittäjinä. Tutkimuksissa uusi ebolavirus tunnistettiin Mops condylurus -lepakon ulosteen ja orgaanisten näytteiden perusteella Keniassa. Uusi punkkien välittämä patogeeni, Alongshan-virus, tunnistettiin punkeista Pohjois-Euroopassa.

– Nämä esimerkit todistavat Lazypipe-sovelluksen tehokkuuden datan analysoinnissa uuden sukupolven genomin sekvensoinnin (NGS, Next Generation Sequencing) avulla. Tämä massiivinen rinnakkaissekvensointi mahdollistaa datan analysoinnin hyvin erilaisista DNA/RNA-taustoista, esimerkiksi lähtien nisäkkäiden kudoksista aina murskattuihin niveljalkaisiin asti, kuvailee tutkija Teemu Smura.

Covid-19-pandemia on lisännyt tarvetta tunnistaa uudet virukset nopeasti

Yhteiskunnassamme jylläävä koronaviruspandemia on vaikuttanut siihen, että virusten nopealle tunnistamiselle on suuri tarve. Uudet eläinperäiset virukset voivat levitä nopeasti.

– Aiemmin virusten tunnistaminen tapahtui lukuisten testien avulla, ja virustestejä tehtiin eri virusryhmille yksi kerrallaan. Nyt uudet virukset voidaan tunnistaa lyhyessä ajassa kliinisistä näytteistä NGS-sekvensoinnin avulla, ja tulos saadaan muutamassa päivässä, tutkija Ravi Kant sanoo.

– Osoitimme, että sovellus tunnisti yhdeksän kymmenestä SARS-CoV-2-näytteestä, ilman räätälöityjä asetuksia tai SARS-CoV-2:n referenssi- eli vertailugenomia, tutkija Ilja Pljusnin sanoo.

– Lazypipe-sovelluksella voi olla merkittävä rooli uusien infektiotautien ehkäisyssä, lisää apulaisprofessori Tarja Sironen.

Viite: Plyusnin, I., Kant, R., Jääskeläinen, A.J., Sironen, T., Holm, L., Vapalahti, O. ja Smura, T. Novel NGS Pipeline for Virus Discovery from a Wide Spectrum of Hosts and Sample Types. Virus Evolution, 2020. DOI: 10.1093/ve/veaa091

Lazypipe on saatavilla tiedeyhteisölle Puhti-supertietokoneen kautta CSC:n datakeskuksessa. Lue lisää sovelluksesta projektin verkkosivuilta.

Lisätietoja:

Ilja Pljusnin, tutkija, Helsingin yliopisto (engl.)
Puh. +358 2941 26480
Sähköposti: ilja.pljusnin@helsinki.fi

Ravi Kant, tutkija, Helsingin yliopisto (engl.)
Puh. +358 2941 57054
Sähköposti: ravi.kant@helsinki.fi

Teemu Smura, tutkija, Helsingin yliopisto
Puh. +358 2941 26480
Sähköposti: teemu.smura@helsinki.fi

Olli Vapalahti, professori, Helsingin yliopisto
Puh. +358 50 448 8842
Sähköposti: olli.vapalahti@helsinki.fi

***************************************

Ystävällisin terveisin

Elina Kirvesniemi, viestinnän asiantuntija, Helsingin yliopisto
elina.kirvesniemi@helsinki.fi 050 409 6469

Tietoja julkaisijasta

Helsingin yliopisto
Helsingin yliopisto
PL 3
00014 Helsingin yliopisto

02941 911 (vaihde)http://www.helsinki.fi/yliopisto

Helsingin yliopisto on yli 40 000 opiskelijan ja työntekijän kansainvälinen tiedeyhteisö, joka toimii neljällä kampuksella Helsingissä ja usealla muulla paikkakunnalla Suomessa. Se on toistuvasti maailman sadan parhaan yliopiston joukossa. Helsingin yliopisto on perustettu vuonna 1640.

Tilaa tiedotteet sähköpostiisi

Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat mediatiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.

Lue lisää julkaisijalta Helsingin yliopisto

Vegaaniruokavalio muokkaa merkittävästi pikkulasten aineenvaihduntaa: D- ja A-vitamiinitasot vaativat erityishuomiota21.1.2021 12:51:02 EETTiedote

Helsingin yliopiston tutkimusryhmien yhteistyöprojekti on kansainvälisesti ensimmäinen kartoitus täysin vegaanisen ruokavalion vaikutuksista päiväkoti-ikäisten lasten aineenvaihduntaan. Vegaaniruokavaliota noudattaneilla lapsilla havaittiin sekaruokaa syöviin lapsiin verrattuna merkittävästi muuttunut aineenvaihdunta ja alhaisemmat D-vitamiinitasot. Myös lasten A-vitamiinitasoista kertovat merkkiaineet olivat alentuneet.

Tutkijat selvittivät, kuinka rintasyöpä leviää – syöpägeeni käyttää apunaan proteiinia, joka toimii kuin sorkkarauta19.1.2021 09:30:00 EETTiedote

Helsingin yliopiston tutkijat ovat selvittäneet, kuinka syöpägeenit tuhoavat tyvikalvokapselin, joka estää kasvainsolujen tunkeutumisen terveisiin kudoksiin. Tutkimus osoitti, että syövissä yleinen soluviestintäreitti hyödyntää hepsiini-nimistä entsyymiä hajottaessaan tyvikalvon. Tyvikalvon hajoaminen voidaan kuitenkin pysäyttää hepsiinin toimintaa estävillä vasta-aineilla.

Yli 10 miljoonan euron EU-hanke valjastaa tekoälyn ja genomitiedon sairauksien ennaltaehkäisyyn18.1.2021 13:07:35 EETTiedote

Helsingin yliopiston koordinoimassa viisivuotisessa EU-hankkeessa pyritään kehittämään ja hyödyntämään uudenlaisia genomitietoon perustuvia sairastumisriskin arviointiin soveltuvia työkaluja. INTERVENE-hankkeen tavoitteena on osoittaa tekoälyn hyödyntämisen edut genomitietoon perustuvia sairastumisriskiarvioita laadittaessa sekä testata riskitiedon hyödyntämistä käytännön potilastyössä.

Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.

Tutustu uutishuoneeseemme