HUSissa käyttöön uusi menettely virusvarianttien tunnistamiseksi
Käytössä olevat korona-PCR-menetelmät tunnistavat uudet koronaviruksen variantit, mutta ne eivät pysty erottamaan virusvariantteja alkuperäisestä villityypin viruksesta. Villityypin virukset ja variantit siis kaikki näyttäytyvät PCR-menetelmällä tutkittaessa positiivisena näytevastauksena.
Varianttien seulomiseksi tarvitaan lisätutkimuksia. Virusvarianttien tunnistaminen on tärkeää, koska ne voivat tarttua ja levitä aiempaa nopeammin. HUSLABissa on käytössä kaksi menettelytapaa virusvarianttien tunnistamiseksi.
Britannian, Etelä-Afrikan, Brasilian virusvarianteille on yhteistä mutaatio N501Y viruksen piikkiproteiinia (S-proteiinia) koodaavassa geenissä.
HUSissa on jo vuoden alusta lähtien suuresta osasta korona-PCR-positiivisista näytteistä tarkasteltu, onko kolmesta tutkitusta kohdegeenistä S-geeni jäänyt negatiiviseksi. Löydös vastataan tuloksella ”SGTF” (S gene target failure)” ja löydös voi viitata kliinisesti merkityksellisen virusvariantin mahdollisuuteen. Suurimmassa osassa SGTF-näytteitä on toistaiseksi todettu N501Y-mutaatio eli STGF löydös viittaa vahvasti siihen, että tartunnan aiheuttaneessa viruksessa on variantti.
4.2.2021 alkaen virusvarianttien tutkiminen laajeni HUSLABissa kaikkiin positiiviseksi todettuihin näytteisiin.
Suurimmasta osasta (75 %) positiivista näytteistä tarkastellaan edelleen SGTF ja tulos ilmoitetaan noin vuorokauden kuluessa PCR-testivastauksen saamisesta. SGTF-näytteet ohjataan sekvensointiin. Sekvensointitulos valmistuu noin 2-3 viikon kuluessa eli tällöin saadaan lopullinen varmistus variantista.
Loput (25 %) PCR-positiivisista näytteistä ohjataan mutaatioseulonta-PCR-tutkimukseen. Tässä tutkimuksessa näytteestä määritetään, onko viruskannalla mutaatio N501Y. Tulos saadaan noin kahden vuorokauden kuluessa positiivisen testivastauksen saamisesta. ”Tässä vaiheessa siis tiedetään, että näytteessä on kyseinen mutaatio, mutta ei vielä sitä mistä virusvariantista on kyse. Kaikki näytteet, joissa todetaan N501Y-mutaatio, ohjataan vielä sekvensointiin virusvariantin selvittämiseksi”, kertoo ylilääkäri Maija Lappalainen HUS Diagnostiikkakeskuksesta.
Virusvarianttien aiheuttaman tartunnan saaneiden tunnistus ja tartuntaketjujen nopea katkaisu on erittäin tärkeää. ”Näillä menettelytavoilla saadaan tieto mutaatioepäilystä parin päivän sisällä positiivisesta testivastauksesta ja tutkimalla kaikki positiiviset näytteet saamme kattavasti tietoa variantin esiintymisestä HUS-alueella. Tällä on vaikutusta tartunnanjäljittäjien työhön sekä eristys- ja karanteenikäytäntöihin”, sanoo diagnostiikkajohtaja Lasse Lehtonen.
Avainsanat
Tietoja julkaisijasta
HUS Helsingin yliopistollisessa sairaalassa saa vuosittain hoitoa noin 680 000 potilasta. HUSissa työskentelee lähes 27 000 ammattilaista kaikkien potilaiden parhaaksi. Vastuullamme on 24 jäsenkunnan asukkaiden erikoissairaanhoito. Lisäksi meille on keskitetty valtakunnallisesti useiden harvinaisten ja vaikeiden sairauksien hoito.
HUS on Suomen suurin terveydenhuoltoalan toimija ja maan toiseksi suurin työnantaja. Osaamisemme on kansainvälisesti tunnettua ja tunnustettua. Yliopistollisena sairaalana tutkimme ja kehitämme jatkuvasti hoitomenetelmiämme sekä toimintaamme.
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta HUS
Legionellabakteeria löytynyt Hyvinkään sairaalan hanavedestä - yhtään infektiota ei ole todettu18.4.2024 16:37:03 EEST | Tiedote
Hyvinkään sairaalan synnytysosaston vesihanoista otetuista näytteistä on omaseurannassa löytynyt toimenpiderajat ylittävä määrä legionellabakteeria. Synnytyssaleja on käytössä yksi vähemmän kuin normaalisti. Muutoin synnytystoiminta jatkuu normaalisti. Löydöksiin ei liity yhtään legionellan aiheuttamaa infektiota.
Distansmottagning även för barn – Nylands Jourhjälp utvidgar sina tjänster17.4.2024 07:15:00 EEST | Tiedote
Nylands Jourhjälp erbjuder från och med den 19 april 2024 möjlighet till distansmottagning även för barnsjukdomar. Läkaren kan i fortsättning träffa barnet och föräldrarna via videosamtal. Orsaken till den utökade tjänsten är dokumenterad erfarenhet av hög kundnöjdhet för distansmottagningen och högklassiga vårdresultat.
Lapsetkin pääsevät etävastaanotolle – Uudenmaan Päivystysapu laajentaa palveluaan17.4.2024 07:15:00 EEST | Tiedote
Uudenmaan Päivystysavussa tarjotaan etävastaanottomahdollisuutta 19.4.2024 alkaen myös lasten sairauksiin. Lääkäri voi tavata lapsen ja hänen vanhempansa jatkossa videon välityksellä. Palvelun laajentamisen taustalla ovat näytöt etävastaanottojen korkeasta asiakastyytyväisyydestä ja laadukkaista hoitotuloksista.
Children will be able to access remote appointments: Medical Helpline in Uusimaa expands its service17.4.2024 07:15:00 EEST | Press release
The Medical Helpline in Uusimaa will offer remote appointments for children’s illnesses as well starting April 19, 2024. A doctor can hold a remote video consultation with the child and parent. The service expansion is supported by evidence of high client satisfaction and excellent treatment outcomes in remote appointments.
Sockervärdena hos barn med diabetes kan hållas under kontroll med en smartpump11.4.2024 12:02:08 EEST | Tiedote
En självreglerande insulinpump håller sockervärdena hos barn med diabetes stabila, till och med på samma nivå som hos friska barn.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme