Uudella geenitekniikan menetelmällä kasviplankton tunnistetaan järvestä entistä helpommin
Yksisoluiset mikro-organismit ovat määrältään ja kirjoltaan runsain elämänmuoto maan päällä. Jyväskylän yliopistossa tarkastettavassa väitöskirjassa kehitettiin uusi geenitekniikkaan perustuva menetelmä, joka mahdollistaa mikroskooppisen pienten eliöiden tunnistamisen entistä helpommin. Menetelmästä voi olla hyötyä esimerkiksi ilmastonmuutoksen aiheuttamien ilmiöiden havaitsemiselle. Sen avulla voidaan seurata esimerkiksi haitallisia sinileväkukintoja entistä tehokkaammin.
Mikrobeilla on tärkeä vaikutus maapallon ekosysteemissä. Ihmissilmältä piilossakin niitä löytyy käytännössä kaikkialta. Mikrobimaailman selvittäminen on haaste, johon kehitellään jatkuvasti uusia, entistä tarkempia menetelmiä.
"Vaikkakin näkymättöminä, mikrobit asuttavat kehomme, ruokamme, asuinpaikkamme, ilman ja lähes joka kolkan ympäristöstämme. Uudet menetelmät ovat tarpeen ymmärtääksemme paremmin mikrobien roolia muuttuvassa maalimassa", kertoo väitöstutkija, FM Anita Mäki Jyväskylän yliopistosta.
Väitöstutkimuksessaan Mäki keskittyi erityisesti kasviplanktonin tutkimiseen. Nämä mikrobit ovat valtamerten, järvien ja jokien vesistöjen perustuottajia, jotka vastaavat suurelta osin hengittämämme hapen tuotannosta kuluttaen samalla hiilidioksidia. Tutkimuksessa käytettiin sekä laboratoriossa kasvatettuja kasviplanktonlajeja että 83:sta suomalaisesta järvestä kerättyjä näytteitä.
"Koska esimerkiksi haitalliset sinileväkukinnat ovat lisääntyneet ravinteiden ja ilmastonmuutoksen myötä, on näiden kukintojen tehokas seuranta entistä tärkeämpää. Uusi geneettinen menetelmä tarjoaa tähän entistä tehokkaampia keinoja", Mäki kertoo.
Uusi menetelmä analysoi yhtä aikaa tumallisia ja tumattomia mikorobeja
Mäen tutkimuksessa kehitettiin RNA-perusteinen, geenispesifisistä monistusalukkeista riippumaton HTS-näytteen (high-throughput sequencing) valmistusmenetelmä, jota käyttäen pystytään tunnistamaan samasta näytteestä eri eliöitä aiempaa kattavammin. Menetelmän etuna on se, että tumallisten ja tumattomien mikrobien kirjo pystytään analysoimaan yhtäaikaisesti.
"On arvioitu, että jaamme maapallon 1011–1012mikrobilajin kanssa. Oletetaan, että näistä lajeista 99,999% on vielä tunnistamatta. Ihmisen suoliston arvioidaan sisältävän noin 1014 bakteerisolua ja koko maapallon bakteeri- ja arkkisolujen määrän arvioidaan olevan 1030. Mikrobiston määrittäminen sekä eliö- että globaalitasolla on siis todella haastavaa. Tietämyksemme mikrobien ekologisesta merkityksestä on lisääntynyt, joten uusia, riittävän käytännöllisiä ja tehokkaita tutkimusmenetelmiä tarvitaan jatkuvasti lisää", toteaa Mäki.
Teos on julkaistu sarjassa JYU Dissertations, Jyväskylä 2019, ISBN 978-951-39-7822-8 (PDF). Linkki väitöskirjaan: http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-39-7822-8
Anita Mäki valmistui Jyväskylän yliopiston bio- ja ympäristötieteiden laitokselta solubiologian maisteriksi vuonna 2011. Mäki työskenteli tämän jälkeen Jyväskylän yliopistossa projektitutkijana ja yliopisto-opettajana. Hän aloitti solu- ja molekyylibiologin tohtoriopiskelut 2015.
FM Anita Mäen solu- ja molekyylibiologian väitös “Development of genetic phytoplankton monitoring” tarkistetaan 13.09.2019 klo 12:00 – 16:00 Ylistönrinteen salissa YAA303 (Ambiotica). Vastaväittäjänä on professori Kaarina Sivonen Helsingin yliopistosta ja kustoksena on professori Marja Tiirola Jyväskylän yliopistosta. Väitöstilaisuuden kieli on suomi.
Lisätietoja:
Anita Mäki, anita.s.maki@gmail.com, puh. +358 (0) 50 341 4353
Tiedottaja Tanja Heikkinen, tanja.s.heikkinen@jyu.fi, puh. +358 50 581 8351
Jyväskylän yliopiston matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta
https://www.jyu.fi/science/fi
Facebook: jyuscience Twitter: jyscience
Avainsanat
Kuvat
Tietoja julkaisijasta
Jyväskylän keskustassa sijaitsevan yliopiston kauniilla puistokampuksella sykkii monitieteinen ja moderni tiedeyliopisto – ihmisläheinen ja dynaaminen yhteisö, jonka 2500 asiantuntijaa ja 15 000 opiskelijaa etsivät ja löytävät vastauksia huomisen kysymyksiin. Jyväskylän yliopisto on ollut tulevaisuuden palveluksessa jo vuodesta 1863, jolloin suomenkielinen opettajankoulutus sai alkunsa täältä. Voimanlähteenämme on moniarvoinen vuoropuhelu tutkimuksen, koulutuksen ja yhteiskunnan välillä. Vaalimme tutkimuksen ja koulutuksen tasapainoa sekä ajattelun avoimuutta – sytytämme taidon, tiedon ja intohimon elää viisaasti ihmiskunnan parhaaksi. www.jyu.fi
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat mediatiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta Jyväskylän yliopisto
Jyväskylän yliopisto saa 200 000 euron lahjoituksen koronavirusnäytteiden analysoimiseen27.3.2020 17:40:57 EET | Tutkimus
LähiTapiola Keski-Suomi lahjoittaa Jyväskylän yliopistolle 200 000 euroa koronavirusnäytteiden analysointimenetelmien kehittämiseen. Lahjoituksen avulla yliopiston laboratoriossa bio- ja ympäristötieteiden laitoksella voidaan aloittaa koronavirustestien analysointi, mikäli yhteiskunnallinen terveydenhoidon tilanne sitä vaatii. Laboratorion valmius mahdollistaa Suomen koronavirustestaamisen kapasiteetin merkittävän lisäämisen.
Jyväskylän yliopiston asiantuntijoita kommentoimaan koronavirusta ja sen aiheuttamia poikkeusoloja27.3.2020 12:40:00 EET | Tiedote
Jyväskylän yliopisto on monitieteinen yliopisto, josta löytyy asiantuntijoilta lukuisalta eri tieteenalalta. Olemme koonneet tähän tiedotteeseen tutkijoitamme kommentoimaan koronaviruksen mittavia vaikutuksia yhteiskuntaan oman tieteenalansa näkökulmasta.
Rehtori Keijo Hämäläinen Sitran hallituksen jäseneksi27.3.2020 11:48:28 EET | Tiedote
Jyväskylän yliopiston rehtori Keijo Hämäläinen on nimitetty Suomen itsenäisyyden juhlarahasto Sitran hallitukseen.
Tutkimus kaivoi esille unohdetun palan bakteeritautien hoidon historiaa – faageilla hoidettiin menestyksekkäästi punatautia26.3.2020 11:03:26 EET | Tutkimus
Viruspandemian riehuessa on hyvä muistaa, että suuri osa viruksista on ihmisille haitattomia tai jopa hyödyllisiä. Bakteereita infektoivien virusten eli faagien avulla voidaan torjua tauteja aiheuttavia bakteereita. Jyväskylän yliopiston tutkimus valotti uudessa nousussa olevan faagiterapian historiaa. Tutkimuksessa selvisi, että faagiterapia oli yleisesti ja menestyksellisesti käytössä Brasiliassa 1920-1940. Tutkimus julkaisiin Lancet Infectious Diseases –lehdessä maaliskuussa 2020.
Magis-mobiilipeli – hyvinvointitaitoja lapsille koronan keskellä24.3.2020 11:33:50 EET | Tiedote
Jyväskylän yliopiston psykologian laitoksen ja Vaasanseudun mielenterveysseuran yhteistyössä kehittämä Magis – Maaginen seikkailu mobiilipeli on laadittu lasten hyvinvoinnin edistämiseen ja koulukiusaamisen ehkäisemiseen. Peli on nyt saatavilla ilmaiseksi suomen, ruotsin ja englanninkielisenä sekä Google Play -kaupasta että App Storesta tai selainversiona osoitteesta https://magisgame.com/
Sensoridata paljastaa: Koronavirus on vähentänyt jyväskyläläisten autolla liikkumista huomattavasti24.3.2020 10:48:05 EET | Tiedote
Koronavirus on vähentänyt jyväskyläläisten liikkumista merkittävästi jo ensimmäisenä viikkona rajoitusten käyttöönotosta. Tuloksissa vertailtiin tilannetta viikolla 11 ja viikolla 12.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme