Uudella geenitekniikan menetelmällä kasviplankton tunnistetaan järvestä entistä helpommin
Mikrobeilla on tärkeä vaikutus maapallon ekosysteemissä. Ihmissilmältä piilossakin niitä löytyy käytännössä kaikkialta. Mikrobimaailman selvittäminen on haaste, johon kehitellään jatkuvasti uusia, entistä tarkempia menetelmiä.
"Vaikkakin näkymättöminä, mikrobit asuttavat kehomme, ruokamme, asuinpaikkamme, ilman ja lähes joka kolkan ympäristöstämme. Uudet menetelmät ovat tarpeen ymmärtääksemme paremmin mikrobien roolia muuttuvassa maalimassa", kertoo väitöstutkija, FM Anita Mäki Jyväskylän yliopistosta.
Väitöstutkimuksessaan Mäki keskittyi erityisesti kasviplanktonin tutkimiseen. Nämä mikrobit ovat valtamerten, järvien ja jokien vesistöjen perustuottajia, jotka vastaavat suurelta osin hengittämämme hapen tuotannosta kuluttaen samalla hiilidioksidia. Tutkimuksessa käytettiin sekä laboratoriossa kasvatettuja kasviplanktonlajeja että 83:sta suomalaisesta järvestä kerättyjä näytteitä.
"Koska esimerkiksi haitalliset sinileväkukinnat ovat lisääntyneet ravinteiden ja ilmastonmuutoksen myötä, on näiden kukintojen tehokas seuranta entistä tärkeämpää. Uusi geneettinen menetelmä tarjoaa tähän entistä tehokkaampia keinoja", Mäki kertoo.
Uusi menetelmä analysoi yhtä aikaa tumallisia ja tumattomia mikorobeja
Mäen tutkimuksessa kehitettiin RNA-perusteinen, geenispesifisistä monistusalukkeista riippumaton HTS-näytteen (high-throughput sequencing) valmistusmenetelmä, jota käyttäen pystytään tunnistamaan samasta näytteestä eri eliöitä aiempaa kattavammin. Menetelmän etuna on se, että tumallisten ja tumattomien mikrobien kirjo pystytään analysoimaan yhtäaikaisesti.
"On arvioitu, että jaamme maapallon 1011–1012mikrobilajin kanssa. Oletetaan, että näistä lajeista 99,999% on vielä tunnistamatta. Ihmisen suoliston arvioidaan sisältävän noin 1014 bakteerisolua ja koko maapallon bakteeri- ja arkkisolujen määrän arvioidaan olevan 1030. Mikrobiston määrittäminen sekä eliö- että globaalitasolla on siis todella haastavaa. Tietämyksemme mikrobien ekologisesta merkityksestä on lisääntynyt, joten uusia, riittävän käytännöllisiä ja tehokkaita tutkimusmenetelmiä tarvitaan jatkuvasti lisää", toteaa Mäki.
Teos on julkaistu sarjassa JYU Dissertations, Jyväskylä 2019, ISBN 978-951-39-7822-8 (PDF). Linkki väitöskirjaan: http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-39-7822-8
Anita Mäki valmistui Jyväskylän yliopiston bio- ja ympäristötieteiden laitokselta solubiologian maisteriksi vuonna 2011. Mäki työskenteli tämän jälkeen Jyväskylän yliopistossa projektitutkijana ja yliopisto-opettajana. Hän aloitti solu- ja molekyylibiologin tohtoriopiskelut 2015.
FM Anita Mäen solu- ja molekyylibiologian väitös “Development of genetic phytoplankton monitoring” tarkistetaan 13.09.2019 klo 12:00 – 16:00 Ylistönrinteen salissa YAA303 (Ambiotica). Vastaväittäjänä on professori Kaarina Sivonen Helsingin yliopistosta ja kustoksena on professori Marja Tiirola Jyväskylän yliopistosta. Väitöstilaisuuden kieli on suomi.
Lisätietoja:
Anita Mäki, anita.s.maki@gmail.com, puh. +358 (0) 50 341 4353
Tiedottaja Tanja Heikkinen, tanja.s.heikkinen@jyu.fi, puh. +358 50 581 8351
Jyväskylän yliopiston matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta
https://www.jyu.fi/science/fi
Facebook: jyuscience Twitter: jyscience
Avainsanat
Kuvat
Tietoja julkaisijasta
Jyväskylän keskustassa sijaitsevan yliopiston kauniilla puistokampuksella sykkii monitieteinen ja moderni tiedeyliopisto – ihmisläheinen ja dynaaminen yhteisö, jonka 2500 asiantuntijaa ja 15 000 opiskelijaa etsivät ja löytävät vastauksia huomisen kysymyksiin. Jyväskylän yliopisto on ollut tulevaisuuden palveluksessa jo vuodesta 1863, jolloin suomenkielinen opettajankoulutus sai alkunsa täältä. Voimanlähteenämme on moniarvoinen vuoropuhelu tutkimuksen, koulutuksen ja yhteiskunnan välillä. Vaalimme tutkimuksen ja koulutuksen tasapainoa sekä ajattelun avoimuutta – sytytämme taidon, tiedon ja intohimon elää viisaasti ihmiskunnan parhaaksi. www.jyu.fi
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta Jyväskylän yliopisto
Uudenlainen kulta-nanopartikkeleihin pohjautuva merkintämenetelmä laajentaa merkittävästi solujen kuvaamisen mahdollisuuksia2.12.2025 07:10:00 EET | Tiedote
Yhdysvaltojen ja Jyväskylän yliopiston tutkijoiden välinen uraauurtava kansainvälinen yhteistyö on esitellyt uuden lähestymistavan molekyylien merkitsemiseen ja visualisointiin solujen pinnoilla käyttämällä edistynyttä 3D-elektronimikroskopiaa.
Väitös: Pohjoisten järvien kestävä hoito huomioi lajien väliset vuorovaikutukset ja yksilöiden ruumiinkoon ravintoverkossa (Kangosjärvi)1.12.2025 13:00:00 EET | Tiedote
Jyväskylän yliopiston uudessa väitöstutkimuksessa selvitettiin, miten ympäristötekijät ja kalayhteisön rakenne muokkaavat pohjoisten järvien ravintoverkkoja sekä lohikalojen ravinnonkäyttöä. Tulokset osoittavat, että kalalajien väliset vuorovaikutukset ja yksilöiden koko vaikuttavat lohikalojen ravintokäyttäytymiseen enemmän kuin järven pinta-ala tai ilmaston lämpötila.
Varhaiskasvatusjärjestelmä toimii, mutta perheiden valinnanvapaus ei aina toteudu (Kuusiholma-Linnamäki)1.12.2025 08:45:29 EET | Tiedote
Suomessa jokaisella lapsella on oikeus päästä varhaiskasvatukseen. Tätä turvaa varhaiskasvatuslaki, jonka avulla pyritään siihen, että palvelut ovat perheille helposti saatavilla. Varhaiskasvatukseen osallistumista tuetaan lisäksi tulosidonnaisilla asiakasmaksuilla sekä sisaralennuksilla, jotta varhaiskasvatus olisi aidosti mahdollinen kaikille lapsille, perheen tilanteesta riippumatta.
Kultananoklustereista uusia muokattavia materiaaleja nanoelektroniikkaan1.12.2025 07:05:00 EET | Tiedote
Kultananoklustereista rakennetut uudet MOF-materiaalit voivat mullistaa nanoelektroniikan. Kansainvälisellä tutkimustyöllä onnistuttiin kehittämään neljä innovatiivista materiaalia, joiden sähkönjohtavuus ja puolijohdemainen käyttäytyminen avaavat uusia mahdollisuuksia elektronisten ominaisuuksien tarkkaan hallintaan.
Oppimisen tuen uudistus muuttaa koulujen arkea – tutkimus selvittää, miten uudistus toteutetaan kunnissa28.11.2025 06:30:00 EET | Tiedote
Esi- ja perusopetuksen oppimisen tukea uudistettiin vuonna 2025, kun aiempi kolmiportainen malli korvattiin ryhmäkohtaisilla ja oppilaskohtaisilla tukitoimilla. Tavoitteena on tarjota tukea aiempaa oikea-aikaisemmin ja matalammalla kynnyksellä, mutta käytännön toteutus ja resurssit vaihtelevat kunnittain. Jyväskylän yliopiston johtama tutkimushanke selvittää nyt, millaiseksi uudistus muotoutuu koulujen arjessa eri puolilla Suomea.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme