Sairaalabakteeri ei tartu terveisiin vastasyntyneisiin vauvoihin
Tulokset saatiin uudella tutkimusmenetelmällä, jossa bakteerien kilpajuoksua vastasyntyneen suolistossa tutkittiin geenitasolla. Bakteerien alatyyppien tunnistaminen kumosi aiempia oletuksia Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ja Enterococcus faecalis -bakteereista.
Helsingin yliopiston professori Jukka Coranderinja professori Antti Honkelan johtamassa tutkimuksessa käytettiin Englannissa kerättyä aineistoa. Tulokset on julkaistu Nature Communications -tiedelehdessä [https://www.nature.com/articles/s41467-022-35178-5].
Artikkelin pääkirjoittaja, tutkijatohtori Tommi Mäklin Helsingin yliopistosta on väitöstyössään kehittänyt uuden laskennallisen menetelmän, jonka avulla suolistossa elävien bakteerien lyhyistä DNA-fragmenteista voidaan nopeasti koota tarkka kuvaus niiden genomeista, jopa yksittäisten bakteerilajien geneettisten alatyyppien tasolla. Tämän korkearesoluutiometagenomiikan avulla pystyttiin tunnistamaan bakteerilajien alatyyppejä, jotka eroavat ominaisuuksiltaan merkittävästi toisistaan esimerkiksi taudinaiheutuskyvyn ja antibioottiresistenssin suhteen. Aiemmissa tutkimuksissa vastaava mikrobiomin kuvaus on jäänyt lajitasolle.
Näin tutkimus tehtiin
Tutkimuksessa vastasyntyneet oli jaettu synnytystavan mukaan kahteen ryhmään: noin puolet vauvoista oli syntynyt normaalisti alateitse ja loput keisarinleikkauksella. Kummastakin ryhmästä kerättiin toistuvasti ulostenäyte ja näytteistä eristettiin bakteerien DNA kattavaa sekvensointia varten. Samasta aineistoista aikaisemmin julkaistussa Sanger-Instituutin tutkimuksessa nähtiin merkittävä ero mikrobiomin koostumuksessa alateitse syntyneiden ja keisarinleikkausvauvojen välillä. Keisarinleikkauksella syntyneiden vauvojen mikrobisto oli lajistoltaan selkeästi köyhempi ensimmäisten elinviikkojen aikana ja siitä puuttui useita bakteerilajeja, jotka tyypillisesti yhdistetään terveeseen suolistomikrobistoon.
Aiempi analyysi jätti kuitenkin avoimeksi useita keskeisiä kysymyksiä, kuten mitkä bakteerilajien alatyypit olivat kolonisoineet vastasyntyneiden suoliston, ja oliko suolistossa useiden saman lajin alatyyppien muodostama heterogeeninen populaatio vai päätyikö kilpajuoksun voittanut alatyyppi dominoimaan suolistoa.
Tämän kolonisaatioprosessin tarkempaa kuvausta varten Coranderin ja Honkelan johtamat tutkijat kartoittivat vakavia infektioita aiheuttamaan kykenevien suolistobakteerilajien osalta kaikkien tunnettujen alatyyppien esiintyvyyden vauvoilla.
Keisarinleikkaus ei lisännyt sairaalabakteerin riskiä
Tutkimuksessa erityisen kiinnostuksen kohteena olivat Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ja Enterococcus faecalis -bakteerit, jotka kuuluvat terveeseen suolistomikrobistoon, mutta joista tunnetaan myös maailmanlaajuisesti levinneitä sairaaloihin sopeutuneita alatyyppejä, joita kutsutaan sairaalabakteereiksi. Nämä bakteerit ovat erityisen vaarallisia riskiryhmiin kuuluville potilaille, joiden immuunipuolustusjärjestelmä on merkittävästi heikentynyt tai joiden suolistomikrobisto on epätavallisessa tilassa. Siksi olikin syytä pelätä, että erityisesti keisarinleikkauksella syntyneet vauvat olisivat alttiita sairaalabakteerien kolonisaatiolle, koska he eivät saa välitöntä suojaa äidiltä alateitse tapahtuvassa synnytyksessä siirtyvästä mikrobistosta.
Osoittautui kuitenkin, etteivät sairaaloihin erikoistuneet alatyypit olleet päässeet kolonisoimaan vauvoja lainkaan, eikä niitä havaittu edes keisarinleikkauksella syntyneissä vauvoissa köyhemmästä mikrobiomista huolimatta. Ryhmien välillä ei myöskään havaittu merkittävää eroa antibioottiresistenttien bakteerien määrässä.
– Oli erityisen ilahduttava uutinen, etteivät sairaalabakteerit kyenneet asettumaan taloksi keisarinleikkauksella syntyneihin vauvoihin, koska nämä bakteerit lisäävät merkittävästi vaikeasti hoidettavien infektioiden riskiä. Vedimme tästä sen johtopäätöksen, että terveet vastasyntyneet, joita ei hoideta antibiooteilla välttävät yleisesti ottaen hyvin nämä mikrobit, sanoo Jukka Corander.
Kamppailu suolistoherruudesta
Korkearesoluutiometagenomiikka antoi myös vastauksen useisiin tärkeisiin bakteerien kolonisaatioon ja kilpailuun liittyviin kysymyksiin, jotka ovat olleet avoinna jo vuosikymmenien ajan. Infektioista löydettävien bakteerien ominaisuuksia on vuosien ajan tutkittu, mutta tähän mennessä ei ole tiedetty miten kyvykkäitä eri alatyypit yleisesti ottaen ovat kamppailussa terveiden ihmisten suoliston asuttamiseksi.
Nyt julkaistussa tutkimuksessa voitiin ensimmäistä kertaa suoraan vertailla populaatiotasolla kolonisaation ja infektioiden yleisyyden eroja geneettisten alatyyppien välillä.
Vertailemalla tutkituilla vauvoilla esiintyviä E. coli -bakteerien alatyyppejä professori Coranderin johtamassa aiemmin julkaistussa tutkimuksessa Norjasta kerättyjen verenmyrkytysnäytteitten alatyyppeihin saatiin laskettua keskeinen epidemiologinen suure eli suhteellinen riski, joka kertoo alatyyppien kyvykkyydestä aiheuttaa infektio.
Verenmyrkytysaineistot yhdistettynä vauvojen kolonisaatioon paljastivat kolme erityistä E. coli -bakteerin alatyyppiä, joihin kuhunkin liittyy merkittävästi korkeampi infektioriski.
Tutkimuksen uniikki tarkkuus paljasti myös, että se E. coli -bakteerikanta, joka pääsi ensimmäisenä vastasyntyneen suolistoon sai selkeän etulyöntiasetelman muihin verrattuna ja kykeni estämään muiden kantojen kolonisaation ensimmäisten elinviikkojen aikana. Vastasyntyneiltä löytyi lähes poikkeuksetta vain yksi ja sama alatyyppi tänä ajanjaksona siitä huolimatta, että eri yksilöiden välillä vertailtuna alatyyppien kirjo oli varsin laaja. Vastaava ilmiö havaittiin myös muiden tutkittujen bakteerilajien kohdalla. Tämä tulos on todiste alatyyppien välisestä vahvasta kamppailusta suoliston ”herruuden” saavuttamisessa, sillä ilman kilpailua resursseista suolistossa asustaisi useita alatyyppejä yhtä aikaa.
– Oli palkitsevaa vastata kysymyksiin, joita tutkijayhteisössä on pyritty tarkastelemaan vuosikymmenien ajan. Tutkimuksemme on esimerkki uudesta menetelmällisestä konseptista, joka toimii loistavasti metagenomiikan tarkkuuden syventämisessä. Sen voidaankin odottaa tulevan laajaan käyttöön vastaavissa tulevaisuuden tutkimuksissa, joissa pyritään selvittämään yhä tarkemmin geneettisten tekijöiden merkitystä sekä kolonisaatiokyvyn, että infektioiden aiheuttamisessa, sanoo Tommi Mäklin.
Alkuperäinen artikkeli: Mäklin, T., Thorpe, H.A., Pöntinen, A.K. et al. (2022) Strong pathogen competition in neonatal gut colonisation. Nature Communications. DOI: 10.1038/s41467-022-35178-5
Yhteistyökumppanit ja rahoittajat:
Tutkimus oli tehty yhteistyössä The Wellcome Sanger -instituutin ja Oslon yliopiston kanssa ja sitä rahoittivat Suomen Akatemia, Suomen tekoälykeskus, Norjan tutkimusneuvosto, Wellcome-säätiö sekä Trond Mohn -säätiö.
Lisätietoa: Tutkijatohtori Tommi Mäklin, Helsingin yliopisto, +44 7770097868, tommi.maklin@helsinki.fi
Avainsanat
Yhteyshenkilöt
Helsingin yliopiston mediapalvelu
Puh:02941 22622mediapalvelu@helsinki.fiRiitta-Leena InkiViestinnän asiantuntija
Puh:+358 50 448 5770riitta-leena.inki@helsinki.fiLinkit
Tietoja julkaisijasta

PL 3
00014 Helsingin yliopisto
02941 22622 (mediapalvelu) 02941 911 (vaihde) (vaihde)https://www.helsinki.fi/fi/yliopisto
Helsingin yliopisto on yli 40 000 opiskelijan ja työntekijän kansainvälinen yhteisö, joka tuottaa tieteen voimalla kestävää tulevaisuutta koko maailman parhaaksi. Se sijoittuu kansainvälisissä yliopistovertailuissa maailman sadan parhaan yliopiston joukkoon. Monitieteinen yliopisto toimii neljällä kampuksella Helsingissä sekä Lahden, Mikkelin ja Seinäjoen yliopistokeskuksissa. Lisäksi sillä on kuusi tutkimusasemaa eri puolilla Suomea ja yksi Keniassa. Yliopisto on perustettu vuonna 1640.
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta Helsingin yliopisto
Nenäsumute suojaa koronavirustartunnalta – toimii myös virusmuunnoksia vastaan24.3.2023 12:17:22 EET | Tiedote
Tutkijat ovat kehittäneet molekyylin, joka estää nenään annosteltuna erittäin tehokkaasti kaikkien tunnettujen koronavirusmuunnosten aiheuttaman taudin. Molekyyli voi olla ratkaiseva ase varautumisessa tuleviin pandemioihin, sillä sen on tarkoitus estää sekä viruksen tartunta että sen leviäminen.
Kansalliskirjasto digitoi jälleen yhteiskunnallisesti merkittävän sanomalehtikokonaisuuden – tutkimuskäyttöön 1,4 miljoonaa uutta sivua23.3.2023 09:02:55 EET | Tiedote
Kansalliskirjastossa on valmistunut kaksi laajaa sanomalehtien digitointiprojektia, joissa digitoitiin yhteensä yli 1,4 miljoonaa sanomalehtisivua tutkimuskäyttöön. Projektit kattoivat 60 eri työväenlehteä vuoden 1966 loppuun saakka sekä koko Uuden Suomen julkaistun lehtihistorian vuodesta 1847 alkaen aina Uuden Suomen lakkaamiseen 1991 asti.
Koronavirus ei todennäköisesti aiheuta tyypin 1 diabetesta22.3.2023 08:00:00 EET | Tiedote
Tavallista useampi lapsi ja nuori sairastui tyypin 1 diabetekseen Suomessa koronapandemian ensimmäisten 18 kuukauden aikana. Tutkimuksen mukaan syynä ei kuitenkaan ollut koronavirus, vaan muuttuneet ympäristötekijät.
Rikoksista selviää yhä vähemmän21.3.2023 09:13:37 EET | Tiedote
Poliisi pystyy selvittämään vuosittain noin 70–85 prosenttia kaikista sen tietoon tulleista rikoksista. Rikosten selvitysasteet ovat olleet laskussa ja vuonna 2021 rikosten yleinen selvitysaste oli 63 prosenttia. Alhaisimmat selvitysprosentit ovat massatyyppisissä varkaus- ja vahingontekorikoksissa.
30 uutta kunniatohtoria vihitään Promootion riemuvuonna20.3.2023 18:00:00 EET | Tiedote
Helsingin yliopiston Promootion riemuvuosi avataan 20.3.2023, jolloin julkistetaan myös yliopiston uudet kunniatohtorit. Keväällä vietetään jo sadatta filosofisen tiedekunnan promootiota sekä eläinlääketieteellisen, teologisen ja oikeustieteellisen tiedekunnan promootioita.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme