Oulun yliopisto

Väitös: Tietotekniset työkalut ennustamassa proteiinien toimintaa molekyylirakenteeseen perustuen

Jaa

Proteiinit muodostavat molekyylirakenteen, joka ohjaa jokaista elävää solua. Niiden monimutkainen rakenne edesauttaa kemiallisia reaktioita, jotka ovat tarpeen sekä solujen selviytymisessä että lisääntymisessä. Proteiinien kemiallisen koostumuksen, rakenteen ja toimintatarkoituksen ymmärtäminen on yksi perimmäisistä kysymyksistä molekyylibiologiassa ja biokemiassa.

Uusien löydettyjen proteiinien tutkimus on pitkä ja monimutkainen prosessi, joka paljastaa toisinaan vain osia niiden toiminnoista. Tietoteknisiä työkaluja voidaan käyttää tämän prosessin kiihdyttämiseen simuloimalla proteiinien käytöstä tai vertaamalla eri osa-alueita uusista ja jo tunnetuista proteiineista.

Tämä väitöskirja käyttää hyväkseen tietoteknisiä työkaluja tarjotakseen uuden lähestymistavan proteiinirakenteiden vertailuun keskittymällä pääasiassa niihin proteiinien osiin, jotka toimivat vuorovaikutuksessa muiden molekyylien kanssa. Näiden työkalujen soveltaminen osoittaa, että ne voivat olla hyödyllisiä tutkittaessa vasta löydettyjen proteiinien toimintaa käyttäen hyväkseen pelkästään rakenteellista informaatiota.

---

Master of Science Leonardo Garma väittelee Oulun yliopistossa 18.8.2017. Biokemian alaan kuuluvan väitöskirjan otsikko on Structural Bioinformatics Tools for the Comparison and Classification of Protein Interactions (Rakenteeseen perustuvat bioinformatiikkatyökalut proteiinien vuorovaikutusten luokitteluun ja vertailuun). Vastaväittäjänä toimii professori Mark Stuart Johnson Åbo Akademista ja kustoksena PhD André Juffer. Väitöstilaisuus alkaa Kontinkankaalla luentosalissa F101 (Aapistie 7) kello 12.

Avainsanat

Yhteyshenkilöt

Linkit

Tietoja julkaisijasta

Oulun yliopisto
Oulun yliopisto
Pentti Kaiteran katu 1
90570 Oulu

0294 480 000http://www.oulu.fi/yliopisto/

 

Oulun yliopisto
Viestintä, markkinointi ja yhteiskuntasuhteet
PL 8000
90014 Oulun yliopisto
viestintä (@) oulu.fi
0294 484 091

Tilaa tiedotteet sähköpostiisi

Haluatko tietää asioista jo ennen kuin ne uutisoidaan? Kun tilaat tiedotteemme tältä julkaisijalta, saat ne sähköpostiisi yhtä aikaa suomalaisen median kanssa. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.

Lue lisää julkaisijalta Oulun yliopisto

Yrittäjyyskasvatuspäivillä Oulun yliopistossa kehitetään yrittävän kulttuurin työkaluja19.9.2017 08:00Tiedote

Valtakunnalliset Yrittäjyyskasvatuspäivät järjestetään Oulun yliopistossa 20.-21.9. Päivien aikana luodaan yhteistyön siltoja ja löydetään uusia yrittäjyyskasvatuksen työkaluja, joilla rakennetaan yrittävää kulttuuria ja tehdään rohkeita kokeiluja. Yrittäjyyskasvatuspäivillä esitellään yrittäjyyskasvatuksen kansallisia suuntaviivoja, tutkimuksen kärkiä sekä hyväksi havaittuja toimintatapoja ja -käytäntöjä.

Väitös: Piilotiedon tulkinta ihmisen kasvoista14.9.2017 00:20Tiedote

Kasvot ovat monipuolinen informaatiolähde ja keskeinen ihmisten välisessä vuorovaikutuksessa. Pystymme päättelemään paljon yhdestäkin kasvokuvasta, mutta kasvoissa on paljon tietoa, jota ei pysty irrottamaan ilman erityiskeinoja. Tässä työssä analysoidaan konenäöllä ihmiselle vaikeasti havaittavaa tietoa: mikroilmeitä ja sydämen sykettä. Tahdosta riippumattomat mikroilmeet paljastavat tunteita, joita ihmiset pyrkivät piilottamaan. Mikroilmeiden havaitseminen on vaikeaa niiden nopeuden ja pienuuden vuoksi, joten automaattinen analyysi voi johtaa uusiin merkittäviin sovelluksiin.

Väitös: Heinien ja sienten väliset yhteydet ovat hyvin vaihtelevia14.9.2017 00:15Tiedote

Lähes kaikki kasvit elävät läheisessä vuorovaikutuksessa erilaisten symbionttisten sienten kanssa. Esimerkkejä kasvien kanssa elävistä sienistä ovat muun muassa sienijuuren muodostavat mykorritsat sekä erilaiset kasvien sisällä elävät endofyyttiset sienet. Perinteisesti monien näiden kasvi-sieni-vuorovaikutusten on oletettu olevan molempia osapuolia hyödyttäviä, mutta viimeaikaiset tutkimukset osoittavat symbionttisten suhteiden olevan vaihtelevia.

Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki STT Infossa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.

Tutustu uutishuoneeseemme